Територіальні органи Агентства були створені з метою реалізації державної політики у водогосподарській галузі та виконання владних повноважень (управлінських функцій) на місцевому рівні. За рік, що минає забезпечено організацію роботи територіальних органів в частині видачі ними документів погоджувального характеру у межах областей. Всього надано понад 16 тисяч висновків та документів погоджувального характеру, які стосуються спецводокористування, режимів роботи водних об’єктів, оренди водних об’єктів, документації із землеустрою тощо.