З 4 червня 2017 року відповідно до Закону України «Про внесення змін до деяких законодавчих актів України, що регулюють відносини, пов’язані з одержанням документів дозвільного характеру», Водного кодексу України, Закону України «Про дозвільну систему у сфері господарської діяльності» Агентство розпочинає видачу дозволів на спеціальне водокористування. Для водокористувачів визначено єдиний перелік документів, необхідний для отримання дозволу. Вперше водокористувачі, що використовують менше 5 куб.м на добу і не здійснюють скид стічних вод у водні об'єкти не потребують отримання дозволу. Вперше повна відповідальність за розробку нормативів ГДС покладено на розробників (від сьогодні нормативи ГДС не потребують затвердження), а достовірність за всі подані матеріали включаючи і нормативи ГДС на водокористувача. 

Отже:

для водокористувачів міста Києва, Київської області, зони відчуження та зони безумовного (обов’язкового) відселення території, що зазнала радіоактивного забруднення внаслідок Чорнобильської катастрофи видача дозволу здійснюється Держводагентством;

для інших водокористувачів територіальними органами Держводагентства.

Для одержання дозволу на спеціальне водокористування водокористувач звертається до відповідних центрів надання адміністративних послуг із заявою, до якої додаються: обґрунтування потреби у воді з помісячним нормативним розрахунком водокористування і водовідведення; опис та схема місць забору води та скиду зворотних вод; нормативи гранично допустимого скидання (гдс) забруднюючих речовин у водні об’єкти із зворотними водами (з розрахунком на кожний випуск (скид) окремо); затверджені індивідуальні технологічні нормативи використання питної води (для підприємств та організацій житлово-комунального господарства, суб’єктів господарювання, які надають послуги з централізованого водопостачання та/або водовідведення); копія правовстановлюючих документів на водні об’єкти (для орендарів водних об’єктів).