За сприяння Служби безпеки України у Держводагентстві проводилися необхідні заходи спрямовані на захист інформаційних ресурсів, що функціонують в Агентстві, у тому числі електронного документообігу.

Зокрема, на виконання указів Президента України від 16.01.2017 № 8/2017 “Про рішення Ради національної безпеки і оборони України”, від 29.12.2016 “Про удосконалення заходів забезпечення захисту об’єктів критичної інфраструктури”, від 15.03.2016 № 96/2016 “Про рішення Ради національної безпеки і оборони України” та від 27.01.2016 “Про Стратегію кібербезпеки України”, а також з метою недопущення нанесення шкоди національним інтересам держави, запобігання виникненню надзвичайних ситуацій на об’єктах критичної інфраструктури України, підвищення рівня підготовки до можливих кібератак державних органів, Головним управлінням контррозвідувального захисту інтересів держави у сфері економічної безпеки Служби безпеки України, спільно з фахівцями Національної академії Служби безпеки України, проводилися навчання фахівців з технічного захисту інформації Держводагентства на тему: “Забезпечення інформаційної та кібернетичної безпеки”.