Значну увагу водогосподарники приділяють заходам з екологічного оздоровлення водних об'єктів України. У 2017 році проводилось оздоровлення річок шляхом еколого-репродуктивних та рибогосподарських попусків у басейнах Дніпра, Дністра, Інгульця та Росі. Це дозволило у Дніпрі покращити якісний стан води у місцях питних водозаборів, умови існування риби, екологічний стан Каховського водосховища та Дніпровського лиману.

Також проведено екологічне оздоровлення басейну р.Інгулець, покращено якісний стан води Карачунівського водосховища та забезпечено зрошення у Миколаївській та Херсонській областях з р.Інгулець.

У басейнах річок Рось і Південний Буг у період маловодної літньо-осінньої межені забезпечено потреби населення у питній воді. Завдяки коригуванню режимів роботи Верхнього Білоцерківського та Олександрівського водосховищ, зокрема, було забезпечено потреби у питній воді міст Корсунь-Шевченківський та Вознесенськ.

У пониззі Дністра покращено екологічний стан вод Дністровських плавнів та на водозаборі м.Одеси з Дністровського водосховища.

У зв’язку з низькою водністю р. Дунай Придунайські водосховища були самопливно заповнені на 90% від їх повного об’єму, при цьому забезпечено потреби регіону для питного водопостачання та подачу води на зрошення.