З метою захисту населення, об’єктів і територій від надзвичайних ситуацій паводкового характеру у мирний час та в особливий період, у Держводагентстві створено функціональну підсистему протипаводкових заходів єдиної державної системи цивільного захисту.

Зокрема, зазначена функціональна підсистема спрямована на захист населення і територій від надзвичайних ситуацій, пов’язаних з водним фактором; захист персоналу водогосподарських організацій у разі виникнення надзвичайних ситуацій, зменшення матеріальних втрат від їх наслідків; організацію та здійснення заходів, спрямованих на підготовку гідротехнічних споруд, водогосподарських систем та експлуатаційного персоналу, з метою запобігання можливим аваріям, виникненню надзвичайних ситуацій, пов’язаних з водним фактором, забезпечення сталого функціонування водогосподарської галузі.

Безпосереднє керівництво функціональною підсистемою протипаводкових заходів здійснює Міністр екології та природних ресурсів України через Голову Держводагентства.

Підсистема включає до свого складу басейнові, обласні, регіональні управління водних ресурсів, управління каналів, міжрайонні управління водного господарства, управління водного господарства та місцеві структурні підрозділи, експлуатаційні управління, інші водогосподарські організації, які виконують завдання цивільного захисту та здійснюють у межах своєї компетенції нагляд за забезпеченням сталого функціонування водогосподарських систем, комплексів та споруд і своєчасним виконанням заходів із запобігання аваріям і надзвичайним ситуаціям, пов’язаним з водним фактором.

Тобто, функціональна підсистема протипаводкових заходів працюватиме як у режимі повсякденної діяльності, що встановлюється при нормальній гідрометеорологічній і водогосподарській обстановці, так і у режимі підвищеної готовності, що встановлюється при загрозі виникнення надзвичайної ситуації, істотному погіршенні гідрометеорологічної, гідрогеологічної і водогосподарської обстановки, а також при підготовці до пропуску льодоходу, повені та паводків.