Большинство, но не все реки текут по поверхности Земли. Подземные реки несут свои потоки под землёй в пещерах. Подобного рода реки часто встречаются в регионах с известняковыми (карстовыми) отложениями в геологических формациях. Кроме того, различают пещеры, образуемые в теле ледников талой водой. Такие пещеры встречаются на многих ледниках. Талые ледниковые воды поглощаются телом ледника по крупным трещинам или на пересечении трещин, образуя ходы, иногда проходимые для человека. Длина таких пещер может составлять несколько сот метров, глубина — до 100 м и более. В 1993 г. в Гренландии был обнаружен и исследован гигантский ледниковый колодец «Изортог» глубиной 173 м, приток воды летом в него составлял 30 м³ и более^[7]. Из-за наличия «крыши», образованной из геологических пород, непроницаемых для воды (или льда) и высокого давления, направленного в сторону вышележащих массивов ледника, создаётся так называемый топографический градиент — такие потоки способны даже течь в гору. Ещё один тип ледниковых пещер — пещеры, образуемые в леднике в месте выхода внутриледниковых и подледниковых вод на краю ледников. Талые воды в таких пещерах могут течь как по ложу ледника, так и по ледниковому льду.

Вода, как правило, находится во многих пещерах, а карстовые пещеры обязаны ей своим происхождением. В пещерах можно встретить конденсатные плёнки, капель, ручьи и реки, озёра и водопады. Сифоны в пещерах существенно усложняют прохождение, требуют специального снаряжения и особой подготовки. Нередко встречаются подводные пещеры. В привходовых участках пещер вода часто присутствует в замёрзшем состоянии, в виде ледяных отложений, часто очень значительных и многолетних.

Подземная река Пуэрто-Принсеса — подземная река около филиппинского города Пуэрто-Принсеса, на острове Палаван (Филиппины). Данная река, длиной около 8 км, протекает под землёй, в пещере, в направлении Южно-Китайского моря. В районе её местонахождения создан Национальный парк подземной реки города Пуэрто-Принсеса (англ. Puerto Princesa Subterranean River National Park) — заповедник, расположенный в 50 км от города. Парк находится в районе горного хребта Сент-Пол в северной части острова и ограничен бухтой Сент-Пол и рекой Бабуян. Известна подобная река на полуострове Юкатан в Мексике, но эта признана крупнейшей. Обе подземные реки своим возникновением обязаны карстовому рельефу. Вода в этих реках изменила направление своего течения, найдя дорогу вниз, благодаря растворению карбонатных пород и формированию обширной подземной речной системы.

Река Хамза (порт. Rio Hamza) — неофициальное^[8] именование подземного течения под руслом Амазонки. Об открытии «реки» было объявлено в 2011 году^[9]. Неофициальное название дано в честь индийского учёного Валия Хамза^[10], который более 45 лет занимался исследованием Амазонки^[11].